“工程”中的39所大学，应该是全国教育行*部门资金投入最多、各项*策最优惠、综合实力最强的高校。虽然同处于高等教育第一梯队，但其实细分的话，39所大学还可以分为以下四个层次：
第一层次2所
北京大学和清华大学
北大、清华这两所高校几乎占据了我国高等教育综合实力榜单的前两位，同时也是世界一流大学，划入第一个层次应该说争议不大，毕竟多项办学指标都居全国大学榜首，优势明显。
第二层次7所
复旦大学、哈尔滨工业大学、上海交通大学、南京大学、西安交通大学、浙江大学、中国科学技术大学
这7所实际上是九校联盟(C9)除清华、北大外的大学，它们是中国首个顶尖大学间的高校联盟。被上述9所大学录取，将受到国内最好的本科教育。
第三层次25所
北京理工大学、北京师范大学、厦门大学、天津大学、南开大学、华中科技大学、武汉大学、东南大学、中国海洋大学、山东大学、湖南大学、中国人民大学、吉林大学、重庆大学、电子科技大学、大连理工大学、四川大学、中山大学、华南理工大学、北京航空航天大学、兰州大学、东北大学、西北工业大学、同济大学、中南大学
这25所是“工程”一期除C9联盟外的大学，能在同一批次入围，实力自然相当，几乎每一个都是各地高等教育的“扛把子”。
第四层次5所
国防科技大学、中国农业大学、西北农业科技大学、华东师范大学、中央民族大学
这5所是第二期入选工程的大学，在综合实力上要稍微逊色于上述34所大学，尤其是西北农业科技大学和中央民族大学的入选，一直引起很多人的非议
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